La Federación Española de Hemofilia (FEDHEMO) posee tres órganos de gobierno:

• Asamblea General: Es el principal órgano de gobierno de la Federación. Encargado de la fijar las principales líneas de actuación y aprobar/ratificar las decisiones más importantes de la vida de la Federación. Está compuesta por todos los socios.

• Junta Directiva Nacional: Es el órgano de control, fiscalización y concreción de las líneas aprobadas por Asamblea General. Asimismo, plantea la aprobación a la Asamblea General de las cuestiones más importantes. Compuesta por representantes de todas las Asociaciones miembro, de los miembros de la Comisión Permanente y los coordinadores de Comisiones de Trabajo.

• Comisión Permanente: Es el órgano ejecutivo de la Federación. Es el encargado de la ejecución de los programas marcados tanto por la Asamblea General como por la Junta Directiva Nacional. Formada por 9 miembros.